過氧化苯甲酸叔丁酯進入生物體內(nèi)后，其代謝途徑較為復(fù)雜。它會在生物體內(nèi)的酶作用下發(fā)生初步的分解。過氧化鍵斷裂后，可能會生成苯甲酸叔丁酯和一些自由基中間體。這些自由基具有較高的活性，可能會與生物體內(nèi)的生物大分子如蛋白質(zhì)、核酸等發(fā)生反應(yīng)，對細胞造成一定的損傷。苯甲酸叔丁酯則可能進一步在肝臟等器官中進行代謝轉(zhuǎn)化。

 一部分會通過氧化反應(yīng)轉(zhuǎn)化為更易溶于水的物質(zhì)，然后通過尿液排出體外；另一部分可能會參與體內(nèi)的一些生物合成過程。不過，由于其具有一定的毒性，過量攝入過氧化苯甲酸叔丁酯會對生物體的健康產(chǎn)生嚴重危害，因此在相關(guān)領(lǐng)域使用時須嚴格控制劑量。